孔会娟由于严重失眠和风湿病于一九九八年开始修炼法轮功，很快感觉到无病一身轻，性格也变的开朗愉悦，身心沐浴在佛法修炼中。

一九九九年，江泽民出于小人妒嫉，利用“六一零”非法组织等在内的整个国家机器，一手挑起、煽动、策划、组织并推动实施了一场对上亿法轮功修炼者群体大规模的、系统的、长期的灭绝性迫害。

一九九九年四月二十五日之后，安国市公安局伙同孔会娟所在单位人员多次逼迫骚扰她放弃修炼，一九九九年七月她被安国市公安局骗去非法拘留，后在家人写了保证后才被放出。一九九九年九月她为给法轮功说句公道话毅然去北京上访在天安门广场被绑架，后被安国市公安局绑架回本地看守所 ，为逼迫她放弃修炼以恶警杨银普（后遭恶报死亡）为首的恶人用小白龙或皮鞭多次殴打她。打得皮肤黑紫一周不敢坐。

一九九九年底，孔会娟又被劫持到石家庄劳教所继续迫害。因拒绝参加奴役被强制站墙根，从吃早饭站到晚上十点甚至十二点，站得脚后跟疼，腿肿，恶心，头痛，后又强迫走正步，不停的走，累得没一点力气。

二零零零年七月，孔会娟被转送保定劳教所严管班迫害，被指导员闫庆芬强制绑死人床一天一夜，第二天解开两手两脚上的手铐想要坐起来时，腰痛得不能打弯，感觉上半身和下半身是分开的，一点一点的活动了好长时间才坐起来。不许说话，上厕所有专人盯着。不久暴徒们对坚定的大法弟子开始了四十五天强行洗脑。对她进行精神迫害并铐在楼梯转角处几天几夜，因不放弃信仰，强迫她们每天早五点起床，开始“坐板”（把方凳放倒坐着）一直坐到夜晚十一点半，不许喝水，洗漱，不许说话，不许合眼，只许看污蔑大法的电视，谁合眼就打耳光，或“罚站立”，屁股都磨破了。她们绝食反迫害长达二个月，瘦得皮包骨，身体极度虚弱，随时都有生命危险。后强迫灌食，在灌食时，不用管子，用钳子撬开嘴，一人抓住胳膊将她推倒，后面一人揪住头发靠在床边，前边一人双脚用劲蹬在她的脚尖上，用拳头打她胸口和腹部，一人撬开她的嘴灌放入大量食盐的玉米糊，有的放破坏中枢神经的药，然后用纸捂住嘴，开始击打她的胸口和腹部，直至咽下为止，再灌再打，惨无人道的折磨导致她后来牙齿再也不能正常咀嚼食物。

二零零零年十一月，孔会娟被转关到高阳劳教所。此劳教所在荒郊野外更是阴森恐怖，关押在那的人就如同哑巴、木偶、机器人，不但吃饭睡觉干活一致，就是上厕所都统一，别说让说话，就是坐着、走路、看电视只能目视前方，无意瞅了一下旁边轻则招来一顿训斥，重则拳脚相加，对炼法轮功的人就可能上刑。大队长杨泽民在大会上就扬言：你们法轮功不是不“转化”吗？我们有多道刑具等着你们，你们要能闯过去就别“转化”。大冬天孔会娟被埋在雪里直到身体承受力达到极限；最寒冷的日子里被铐在走廊过道并打开窗户往她身上泼冷水；一次她被强迫蹲着，两手铐在身体两侧的地环上，无论白天黑夜都不许坐着、不许合眼睡觉，时间长了两腿失去知觉、腰痛、手背肿的象蘑菇，要求上厕所时才打开手铐，腰痛的想站却站不起来，腰一点也用不上劲，直不起来，是别人拽着她才一点点站起来的，腿脚不受大脑支配，想走路脚却象踩在海绵上。期间狱警还用电棍电她，逼迫“转化”。这次劳教期间，孔会娟的父亲的去世是她劳教结束回家后才知道的。身体和精神的痛苦承受达到了极限。那种煎熬真是度秒如年啊。

二零零九年九月二十三日，孔会娟在家中再次被绑架并劳教，在石家庄女子劳教所，因不写保证书就不让与家人联系，被迫害致血压230多还被强迫劳动，她的母亲去世劳教所也不告诉她，大年三十晚上，孔会娟才得知消息，本来血压就200多，不能受刺激，当时就难受的她站立不住。十年前，父亲去世她也在被劳教中，不让看最后一眼，做女儿的她双亲活着不能侍奉死后也没能送终，没法尽做女儿的义务孝敬父母，同时使她的弟弟妹妹及亲属承受了巨大的打击，身心都受到了巨大的伤害和打击！

二零一零年五月，孔会娟保外就医回家后精神和身体的双重压力使她无法正常上班。每到敏感日都有人在她家附近监控盯梢她，精神由于紧张出现恍惚，头脑常感觉有只大黑手在抓，眼睛视物重影模糊不清，头疼欲裂。十七年的身心摧残迫害不但使她不能正常工作和生活，内心的痛苦更是无以言表，身心日益疲惫。