在一九九九年中共迫害法轮功时，林文辉被内定为所谓的福建省六大重点人物之一，迫害一开始就被非法关押，很长的时间是关在山里，一个与世隔绝的环境，有人看着，就是不准与外界接触，一直到二零零八年他才恢复自由。

林文辉随后去北京做点小生意，可是，临近奥运会时，福建公安到北京，以所谓的奥运安保为名要带林文辉回福建，林文辉不愿回去，他们就把林文辉关进了北京丰台看守所，非法劳教两年，由北京转到了内蒙古兴安盟图牧吉劳教所。

二零零九年二月二十六日在图牧吉劳教所，法轮功学员们抵制奴役，下午二队中干事陈强（警号：1519074）把法轮功学员宋志宇叫到办公室，一进门就破口大骂，把真相信摔到宋志宇脸上，并跳起来打了宋志宇两个耳光，说法轮功学员宋志宇是领头的，还扬言随时用暴力迫害。二队中队长（封闭队）黄自刚，又当胸打了宋志宇好几拳，并扬言如果还不加班，就再打。二十七日上午，还在车间编地毯的宋志宇被黄自刚队长带到陈强的办公室，又是恐吓又是殴打，后来见宋志宇不屈服，陈就把宋志宇背铐在四楼大厅东北角的暖气管子上。中午也没有让宋回到楼下吃饭。

酷刑演示：背铐

二十七日下午，法轮功学员林文辉、王占青、李建青、吴南杰等九名法轮功学员得知宋志宇遭折磨的消息，要求见宋志宇。当时在办公室的队长有毕国荣、黄自刚、吴队长等没有合理的答复，法轮功学员们就拒绝下午的出工。那几个恶警（队长）拿出电棍、胶皮棒等警具，开始殴打法轮功学员，后来王利伟教导员也参与其中，法轮功学员被打得退到大厅里。

酷刑演示：电棍电击

恶警们（队长）还边追边打，像疯了一样，没头没脸的打，用电棍电。打完之后，把林文辉、王占青、李建青、吴南杰、马友、郑军等六名法轮功学员关进了一楼的小号里，两个人一个小号，共三个小号。恶警陈强进到小号后，强迫法轮功学员脱掉衣服，只穿内裤。在二月份的图牧吉外面还是冰天雪地，小号里两名法轮功学员被一个手铐连着，虽然后来开放了地暖气，但时冷时热，地上没有铺的，身上没有盖的。随后几天，法轮功学员王占青、李建青、吴南杰被恶警陈强、姓杨的队长残忍迫害，吊在门框上的铁条上。当时有很多其他劳教人员看到，有的都默默的流下了眼泪。被关在小号里的法轮功学员也不让躺着，只要队长一上班，就让法轮功学员面壁站着，如有不从者或走动者，恶警毕国荣（队长）就拿着电棍电。

在内蒙古遭受两年迫害后，林文辉回到福建老家，回家一个月左右，林文辉乘火车去外地，在火车上被乘警发现身上的法轮大法书籍，被非法抓捕。

林文辉再次被非法劳教。在劳教所期间检查出肝腹水，劳教所怕承担责任，办保外就医由当地政府接回家，林文辉去医院检查诊断为肝癌晚期，回家三个月左右去世。