二零一一年四月十八日，台湾法轮大法学会理事长张清溪（左二）与律师团，至台湾高等法院按铃控告王三运，指控其违反“残害人群罪”及“民权公约”规定。

王三运是继广东省长黄华华、陕西省长赵正永、辽宁省长陈政高之后，第四个来台受到刑事控告的中国省长级官员，也是台湾法轮功团体在台提出刑事告诉的第八名中共高官（其余七名为前河南省委书记徐光春、广东省长黄华华、陕西代理省长赵永正、中国国家宗教局长王作安、湖北省六一零办公室组长杨松、北京副市长吉林、辽宁省长陈政高）。

“你被告了”－－中共人权恶棍安徽省长王三运四月十八日来台，法轮功学员在机场中拉横幅

王三运早上十一点多抵达台湾桃园国际机场，早已有五十多位法轮功学员来到机场，诉状也随即送至机场。法轮功学员高喊“王三运你被告了”，他回过头来看，未发一语。前来接机人士对此噤声不语。

“你在台湾被告了，你有什么想法，你要回应吗？”平面媒体记者大声提问，王三运头也不回地离开。其身旁十几个戒护人员很紧张。

台湾法轮大法学会理事长张清溪与律师团面见内勤检察官时，一致强调，检察机关对依照“防止及惩治残害人群罪公约”所制定的“残害人群罪条例”，就“管辖权的有无”及“犯罪被害团体”应该根据该公约的国际惯例来认定。

台湾关怀中国人权联盟发起人杨宪宏表示，王三运来台的问题我们会关心，台湾尤其在人权问题上的把关，不能让在中国有很坏人权纪录的人来台。

台北当代艺术中心理事长徐文瑞表示：“中共政权违反诸多的人权纪录，法轮功事件是其中很严重的一项。政府在进行两岸交流，应该很清楚告诉人民：他们到底是什么样的人？政府也要很清楚跟中共官员表明，我们看到你们在中国内地的所作所为！”“对于有迫害人权纪录的要直接抵制他们，政府必须在这方面作严格的把关。”

王三运主导及直接参与迫害法轮功，横跨福建、四川、安徽三省，以下为简述。

1.于二零零一年任（四川）省委副书记期间，王三运指使中共人员迫害法轮功。

2.根据《中国警务》报导，二零零二年四月二十四日，时任四川省委副书记的王三运向全省发布了严打整治“狂飙—F”集中清查、搜捕行动的命令，仅成都市就出动了一万九千余名人员参与，非法搜捕大批法轮功学员。王三运为法轮功团体全球追诉的元凶之一。

3.部署对法轮功学员的洗脑和迫害。二零零二年八月七日，四川省委副书记王三运在眉山调研，再次推动对法轮功的迫害。

4.二零零二年十月至二零零七年期间，王三运调任福建省委副书记。王三运指使对法轮功的迫害。

5. 二零零七年十二月任安徽省副省长，代省长及二零零八年一月三十一日任安徽省省长期间，王三运更是严密部署对法轮功学员的精神洗脑和迫害，并发动镇压指令，抓捕大批学员，造成多人被迫害致死。