在教养院里，恶警们为了让孙长利“转化”（放弃法轮功的信仰），使孙长利受尽了折磨。有一天晚上吃完饭，就被几个恶警拉出去殴打、谩骂、强迫孙长立放弃信仰，逼孙长利骂师父、骂大法、写揭批材料。孙长利不配合，并说：大法好，宁死我也不放弃。

酷刑演示：开飞机

班长王桂芝带头折磨孙长利：先是罚蹲，随后令其“开飞机”（一种酷刑弯腰头朝下，两手向上举），紧接着就是连踢带打。吴伟找来二十几个打手打她，连拳带脚；用木板打手、打脑盖；揪着头发往墙上、铺着瓷砖的地上、木桌子上使劲磕；打耳光，打得脸都变形了……种种酷刑折磨。期间，孙长利昏死过四、五次。昏死过去恶警们就掐人中，醒过来再接着打，从晚19时打到半夜23时，孙长利双眼被打瞎。吴伟（大队长）和打手们还威胁孙长立说，不准说眼睛是被打瞎的，出去也不准说，就说是自己跌瞎的，否则整死你。

孙长利被送到抚顺教养院之前，还被红庙子派出所迫害。

孙长利从一九九九年的冬天，为了让世人明白真相，澄清大法是被冤枉的，她把大法真相送到了乡政府，当时的乡长是耿忠柱，孙长利把真相送给了副乡长周国清，周国清说：你还敢往我这送！他就举报了派出所。

过了一段时间，有一天派出所所长杨继国、还有一个姓金的警察让孙长利上派出所去一趟，到了派出所，他们就开始问孙长利还炼不炼法轮功。孙长利回答：炼，在派出所一下午，警察强迫孙长利放弃信仰，孙长利不答应。同时，被抓的还有法轮功学员付玉华（已去世）、尹宝琴，晚上送到新宾看守所。在看守所孙长利绝食抵制迫害，在这期间，红庙子乡派出所所长杨继国以权谋私，多次找孙长利的丈夫恐吓、勒索。说孙长利不“转化”，让孙长利的丈夫写保证书。还威胁孙长利的丈夫拿工作担保，要不就拿钱，一共拿了三次，三千元、一千五百元、二千元都没有开收据。还有警察徐明国还勒索二千元，在看守所里关押了五十多天，然后，政法委给送抚顺五家堡子教养院劳教三年。

二零零二年秋，新宾县的政法委，又把迫害双目失明的孙长利抓走，直接送到了沈阳马三家子家教养院，劳教三年。在教养院里，警察看孙长利双目失明，就叫新宾县的公安局办保外就医，当时，公安局法制科有个姓李的欺骗家属拿四千元抵押金，办保外就医，等三年期满就给返回。孙长利回到家中，期满后，到公安局去要钱，他们互相推脱，法制科推到治安科，最后找到姓李的他们不承认，说：这钱你们别想要了。