九九年七月中共开始疯狂迫害法轮功，同年十二月他进京上访，为大法和师父说句公道话，被安徽合肥郊区公安分局非法劳教一年。

孔德文不放弃信仰，坚持修炼法轮大法，于二零零四年又被安徽合肥“610”恶警卫政、杨军、魏某绑架，在合肥公安局四楼刑讯室遭受酷刑折磨，恶警卫政、杨军把他关在铁笼子里，两只手各带一副手铐，手铐的另两端铐在铁笼子的两拐角，整个身体多次被悬吊空中，手腕手臂象斩断一样疼痛，顿时全身大汗淋漓，生不如死。

孔德文十二个昼夜一直被吊铐在铁笼里，不给睡觉。后又被关押在看守所继续迫害，每天早上五—晚十二强迫做奴工（制作小彩灯），必须完成高定额指标，否则不给睡觉，通宵加班，还要挨打。在此期间，吃不饱饭，水煮老青菜没有油，人也日渐消瘦。后他花钱定了几次菜，每次定菜他都分一半给同监室的一个死囚，没过多久，他和那个死囚两人都出现了双目视力下降，看不清东西，心跳过速，身体发麻，四肢无力等症状，这时才有所知觉，难怪定的菜味不正，可能被下药。

二零零五年孔德文被非法判刑三年，本来身体就极度虚弱却又遭进一步迫害，在安徽宿州第三监狱，因不放弃信仰，被关小号、强制洗脑、吊铐、罚站、拳打脚踢、不让睡觉、做奴工。迫害主要责任人有唐传友、黄启俊、分监区长王军等。

二零零七年三月出狱，孔德文已被迫害的丧失工作能力，经亲戚及朋友的长期帮助，现生活才勉强自理。经医院眼科专家鉴定：“双眼视神经萎缩，为低视二级残疾”。合肥市残疾人联合会给他发了“残疾人证书”。