薄熙来在大连市任职期间，因为其操纵、指挥，大连市成为全国迫害法轮功最严重的城市之一，十五名法轮功学员被迫害致死。薄熙来在任职中共辽宁省委副书记、辽宁省省长期间，因为其操纵、指挥，致使辽宁成为迫害法轮功最严重的省份之一。截至二零零四年四月十九日，辽宁省经国际人权组织证实被迫害致死的法轮功学员达一百零三人，居全国第四。

迫害伊始，当时任大连市市长的薄熙来就亲自赤膊上阵。具体事实如下：

一九九九年七月十九日晚，蓄谋已久的公安人员突然闯入大连市及各县市区一些法轮功学员家中，大肆绑架。一九九九年七月二十日上午，几千名法轮功学员自发的汇集在大连市政府信访办大楼的门前，以和平请愿方式要求大连市政府放人，其中很多是中老年妇女，他们不打任何的标语，全部都静静的站立在路旁，把行人道都让出来，安静、平和地等待市政府解决问题，没有一个学员往地上扔杂物，相反却把行人、警察扔下的杂物和烟头都捡起来。善良的法轮功学员此时想的是薄市长一定会替民作主，会放人的，然而，此时的薄熙来正在对公安局等部门的有关人员下达命令：对法轮功给我往死里狠狠的整！并且调集了大连市的大量警察参与镇压。

薄下达恐怖镇压命令后，大约十点左右，众多警察气势汹汹的从公安局大楼的方向冲过来，对手无寸铁的法轮功学员大打出手，一些年轻的小伙子被打得鼻口是血，有的被打得遍体鳞伤，衣服被撕破，鞋子被扔掉。一名大约三十多岁的女学员，欲劝阻警察的非法暴力，被一警察一掌劈向后颈处，女学员立刻昏倒在地。另有一正义人士正要拍下这血写的事实，突然被一群便衣警察打倒在地，并且把照相机用脚跺碎。对一些白发苍苍的老年人也不放过，连推带搡，致使许多老年人被推倒在地。

大约十一点四十分左右，在众多警察的暴力镇压中，有几个法轮功学员被绑架，被警察用警车拉走。大约五百人，被诱骗围困在市政府后门对过的一个小广场上，旁边还有一块草坪，有一些法轮功弟子坚守法轮功的“真、善、忍”的理念，坐在那里以集体炼功的方式，用平和的心态，理性的对待专政机器的暴力。其中有几个大约四十几岁的中年妇女还手捧着《转法轮》一书，在低声朗读。这些举止触到了警察狂暴的神经。一个姓王的公安局副局长，奔进一辆停靠在道边的黑色奥迪100型轿车，车牌号是辽B——00051，这是薄熙来的车。薄熙来对公安头目说，你看这些炼法轮功的，这么团结，这么有效率，不抓不打怎么办！你们给我狠狠的打，打死了活该，由政府承担责任。事后薄的司机说：薄当时密切的注视这里发生的一切，他就坐在这辆车中亲手指挥警察迫害善良老百姓。下午二、三点钟，许多法轮功学员被警察推搡到早已准备好的数辆大客车上，分别被拉到一些派出所、学校等处。还有的被警察用车拉到红旗镇的一个荒山上丢下。

这里只是揭露出薄熙来在中共迫害法轮功开始时所犯下的罪行的一幕。更多的惨绝人寰的迫害真相，将以大量的事实陆续的揭露出来。薄熙来因为迫害法轮功罪行严重，目前已在美国、英国、德国、爱尔兰、新西兰、俄罗斯、澳大利亚、韩国、西班牙、瑞典等十几个国家，被法轮功学员以谋杀罪、反人类罪、酷刑罪等告上法庭。二零零七年，被澳洲法轮功学员告上法庭的薄熙来被澳洲法院宣判罪名成立，成为海外被判决有罪的中共最高官员。他的恶行令其在所到之处成为唾弃者。