从99年7月20日邪党政治流氓集团迫害法轮功以来，耿金柱因坚修大法，上访讲真相，先后多次被非法拘禁，遭受严重迫害。2000年耿金柱依法进京上访，被镇政府的不法之徒押回、残暴毒打，扒光衣服，用柳条沾水抽打五天，遍体鳞伤。耿金柱被非法拘禁4个月，吃不饱，还干奴役重活，邪党暴徒还强迫其打其他大法弟子，后被非法罚款4000元。

2001年9月在定兴李郁庄强行转化洗脑班，邪党恶徒对耿金柱用尽了酷刑。有一次，几个恶人用胶棒打了一宿，恶徒们累的气喘嘘嘘，打的他浑身黑紫色，肉都离骨了，身体肿的原来的衣服都穿不上了，惨不忍睹，口出异物，把内脏打坏了。

当时被非法关押在李郁庄洗脑班的大部份大法学员，是由邪党各乡政府人员无故从家里抓走或骗去的，说是县里要的任务，强迫必须放弃信仰，强迫每人每月交1000元生活、转化费。头目李平（男）、还有十来名临时拼凑的所谓“干警”，他们大多是当兵转业回来的，在这里干的“出色”方能安排工作，所以他们使尽了招术残酷对待学员，说是上边的指示。 从2001年9月开始实行严管，先把身体搞得承受不住了再进行下一步洗脑，用各种方式来体罚，强迫每个人都写感受或骂大法，稍不对他们的心思就拳打脚踢、棍棒相加。大法学员卢玉慧被打折了一根手指，腿也拐了一个多月，用手铐脚镣铐着，只穿秋衣，睡光板床，大冷天一铐就是半个月。恶警把耿金柱打得更狠，他们说：耿金柱真行，打了他有一千胶棒，还有铁链子他也挨了不少下。李平还叫嚣：“我就是魔，这里就是魔窟。”

共产邪党硬把一个身心健康，信仰“真、善、忍”的好人，迫害成残疾的废人。就是这样，恶党人员还不放过他，还到家恐吓说是重点。由于每次被抓都被罚款，耿金柱家里东西被变卖一空，其妻子怕其子（军人）被株连，看着他不让炼功学法。耿金柱身体非常虚弱，于08年7月5日含冤离世。