九九年七.二零中共迫害大法。二零零零年过年时，陈昌元与女儿陈雁一同去沙坪坝区绿色广场与当地同修切磋，并向世人讲法轮功真相，被沙坪坝公安分局恶警绑架到沙区白鹤林拘留所迫害15天。

二零零零年五月，陈昌元只身去北京上访，为法轮大法说句公正话，却被北京警察非法抓捕，关押三天后，押回重庆后被非法拘留一个月，又被劫持到北塔西山坪劳教所非法劳教一年，关在严管中队。那是个极其邪恶的黑窝，恶警杜军公开讲：“严管中队就是人间地狱。”

在严管队，陈昌元经受过邪恶的“饥饿”折磨，就是每日早上只能吃一个大拇指般的粑儿，一日三餐总共吃到的不足三两食物，没有菜、不准喝水。而且整个夏季不准洗漱，不准换衣物，又脏又臭。每天六点起床出操、跑步，上午八点至下午六点在操场站军姿暴晒，昏倒了拖到荫凉地躺一会，恢复知觉后又拉出去暴晒。大法弟子一个个被折磨的皮包骨头了。

恶警还常对大法弟子“扎绳”，即将人压在地上，两手反起来用指头粗的棕绳五花大绑，并将绳扎入肉中15分钟或半小时。大法弟子孟雪涛被“扎绳”酷刑折磨致残废；陈建华、亢宏、曹贤露等大法学员的两臂被折磨的失去知觉，两手臂留下的绳子痕迹一年后都没有消失。恶警还用此威胁其他大法弟子。恶警还将坚定修炼的大法弟子“关雷峰塔”，这种酷刑是一种全封闭的石头屋水牢，牢内漆黑，水淹半腿，关入者两手被铐在铁栏上站立，恶警并在里面放上蛇、鼠。以前恶警关过几次犯人，最多两、三天，出来后都精神失常了。恶警就用这种方法折磨逼迫大法弟子。

为逼迫大法弟子写三书，几个所谓的“帮教”人员在恶警指令下监控大法弟子。恶警悬赏“转化”一个大法弟子就减刑期半个月至三个月。为获减刑，那些“帮教”不择手段迫害大法弟子，动辄扣饭，不准大小便，不准睡觉，拳打脚踢，烟头烧身；冬天不准穿棉衣毛衣。或用冷水从头淋下，把全身湿透，并且不准脱，穿在身上直到穿干等。

陈昌元在狱中所受的酷刑包括：“打贝母”“站军势”“扣起”、暴打、电棍击打、“打鸭儿棒”、冬天受冻、夏天暴晒、饥饿、受渴、吊铐等等。陈昌元不向邪恶妥协，被非法延教一年，直到二零零二年才出狱回家。

重庆市渝中蔬菜公司非法开除了陈昌元的公职。回家后的陈昌元身无分文，只得以给人打工维生。二零零六年五月，陈昌元在乘火车时向世人讲真相，被乘警绑架，先后被非法关押在成都铁路看守所及重庆江北区洗脑班迫害。后陈昌元被迫外出打工，至今流落在外。