钟离意任会稽县令时，社会上正瘟疫流行，会稽多人被感染，几天之内就死了一万多人。面对这惨景，钟离意寝食不安，他不住的责备自己：“百姓遭难，我无法解救，还算什么父母官！”他不顾被感染的危险，一家又一家的去慰问病人及家属，并下令到处招募医生研制新药。几天之后，新药研制出来了，就是不敢马上给病人喝，因为其中有几味有毒的草药。钟离意知道后说：“这不很简单吗，让我来试就是了。”他不顾大家竭力阻挡，伸手夺过药就喝了下去。很快，瘟疫被控制了，钟离意紧皱的眉头也舒展了。

汉明帝时，钟离意授任尚书。贪官张恢被朝廷追究伏法，贪贿钱物一并没收，明帝下诏将这些财物分赐群臣，钟离意将所得珠宝全部放到地上不接受赏赐。明帝问其原因，钟离意说：“我听说孔子忍耐着干渴，也不饮盗泉之水。这些贪赃受贿之物，我确实不能接受。”明帝感叹道：“尚书的话真清正啊！”