一九九九年七月中共发起对法轮功学员的迫害。薄熙来当时是大连市的市长。他积极地参与了对大连法轮功学员的迫害。他在二零零一年二月至二零零四年二月担任中国大陆辽宁省省长期间，更是充当了迫害法轮功的重要角色。据明慧网记载，该省迫害致死的法轮功学员多达三百五十七名。

薄熙来拨款十亿元在全省進行监狱改造，在以残酷血腥而著称的马三家劳教所就耗资五亿多元。马三家劳教所曾经于二零零零年十月把十八个女法轮功学员剥光衣服投入男罪犯的监室。而今年三月首次披露活摘法轮功学员器官的苏家屯集中营及医院就在辽宁省境内。

由于薄熙来积极推行江泽民对法轮功学员的群体灭绝政策，主动地参与对法轮功学员的迫害，致使大连及辽宁省成为迫害法轮功最严重的省市之一。

薄熙来已在美国、英国、德国、西班牙和芬兰等九个国家被起诉。

法轮功学员说：瑞典是个民主自由的国家，让一个劣迹斑斑的罪犯到我们国家来是我们政府的耻辱。我们有权利控告他，虽然他现在是中国商务部长，但他的罪责是逃不掉的，他必须为曾经犯下的罪负责，作为商务部长是没有外交赦免权的。这次王室和政府都不知道薄的人权劣迹。我们对他進行起诉，一方面是要让瑞典政府和人民了解迫害真相和他参与迫害法轮功学员的罪行，另一方面告诉恶人善恶有报。更主要的是要停止对法轮功学员在中国遭受的的迫害。