2001年10月25日，耿传君声明以前所写、所说、所做对大法、对师父不利的言行全部作废，坚修大法到底。为此又被丰沟派出所的王薇、敏长春、王守民等恶警绑架到看守所迫害了15天。后来丰茂林场派人在他家附近监视。

2002年5月9日，丰沟派出所的恶警与公安局刑警队的恶警到耿传君家把他又一次绑架走，在刑警队，恶警敏长春毒打他之后，把他的胳膊背到后面上下铐上，最后强制坐铁椅子折磨。第二天把耿传君送到看守所，在那里他又遭受了恶警与犯人非人性的虐待。就这样在8月份给安一个从来没有过的罪名，非法判刑，他上诉也不起作用。看守所为了牟利，在附近安了一个小卖店，专门卖油盐饼、饼干、方便面等食品，不叫被关押的人吃饱，好买他们的食品。

12月6日，耿传君等大法弟子被强行送到乡兰监狱“集训”迫害，在那里也是遭到没有人性的对待。2003年1月14日，耿传君被分到佳木斯监狱一监区三分监区，那里每一个法轮功学员，被4个犯人包夹看管，不让与其他学员说话。恶人们假话、脏话随便说，却不让人说真话。恶警奖励参与迫害法轮功学员的犯人。为了反迫害，大法弟子们开始绝食，恶警和犯人就强制插管灌盐水折磨。

2004年，莲江口监狱和佳木斯监狱合并，名叫佳木斯监狱。3月24日耿传君与其他同修被转押到莲江口，他被劫持到佳木斯监狱二监区二分监区，到那里之后就被封闭起来。在各分监区里不让大法弟子出去，后来晚饭后才下楼出去放风。耿传君为了向监狱长反映法轮功学员是被迫害的，没有罪，全是为了做好人，写了一封信投到监狱长信箱，后来又写了一封给监狱局的信。正想投的时候，恶警派人看着不让投。这才知道那里挂的“信箱”是假的，只是为了骗人放在那里的摆设。从这以后，耿传君的笔和纸全都没收，放风也不许出去，遭受了更严重迫害。

为了找监狱领导谈话说明真相，耿传君绝食4天，教改科姓王的科长说过两天跟他谈话，谁知道又是假的，骗人的。晚上耿传君炼功又被监控看到，教改科姓王的科长，还有两个科长（姓侯、姓刘），姓王的说：“保证以后不能炼功”，耿传君说：“我不能保证。”随后姓侯的上来打他。耿传君说：“炼功与你有什么关系？我与你无怨无仇。”后来他就收回去了。姓王的（恶警）还让写保证，耿传君说：“不能保证，因为我炼功没有犯法。”最后姓曹的说：“给你一个机会”，让他回了监舍。

2004年7月份中共恶党610恐怖机构给各监区下命令强行转化法轮功学员，在权力与利益的诱惑下，张格秋（所谓教改干事）、王振喜（所谓二分监区指导员）等恶警强制耿传君到洗漱间站着背38条（犯人行为规范），等等。面对这些无理的要求，耿传君没有配合恶人，张格秋（恶警）就用拳头打他的脸和胸部，其中季俭奎还说找两个杀人犯打他。事后第二天早晨耿传君呼叫总监控室的人员，要求见监狱长，他说先跟监区领导谈，后来要求值班干警找所谓姓刘的教导员，结果姓刘的（恶警）没来，王振喜却找耿传君，问：“你找监狱长干啥？”耿传君说：“张干事打我。”他说：“打哪了？”随后动手就打耿传君。耿传君就喊“干警打人了”。哪知道却来了一帮恶警，不但没有制止，反而用手铐把耿传君铐在床上，用电棍电他胸部。

从这以后，耿传君的一举一动都受限制，晚上不让睡觉。不法人员邪党就这样没有人性的虐待法轮功学员。