他说，中共一九九九年借口法轮功为“××”组织，展开镇压行动，导致成千上万法轮功学员遭受逮捕拘禁。在“宗教信仰自由”普世价值下，中共对法轮功的打压，只会让人对共产政权专制暴政，更加深恶痛绝。

陈水扁表示，相较于台湾，在宪法保障宗教信仰自由条文下，法轮功在台湾相当活跃，随处可见法轮大法的教学，政府也从未干预过。这就是民主自由与专制极权最大不同处。

近来媒体披露中共对拘禁中的法轮功学员，以活体摘除器官方式，作人体器官移植手术，赚取黑心暴利，再火化毁尸灭迹，行径令人发指，引起国际社会关切。

陈水扁表示，中共政权在此事件遭披露后，沉默了三个星期，才由外交部出面否认，并表示欢迎国际社会组团前往调查。

他说，虽然目前尚未有直接证据得以证明，但相关人士指述历历、中国境内器官移植手术案例明显较他国偏高、强制对狱中的法轮功学员抽血检验行为、早些年曾引起世界轩然大波的中国监狱出售死刑、重刑犯的器官事件，都在予人其真实的可能性。

因此，总统呼吁，深切盼望面对相关人士具体指控，中共政权不应只是一味否认、掩饰，而要主动、深入调查，将涉案人员绳之以法。

他也呼吁，中国也应该检讨恶劣人权纪录，并积极推动政治改革，将权力完整的还给人民，如此才能有效杜绝滥权及对人权的侵害。