秦鹏2003年6月被清华大学不法人员骗回校论文答辩被抓。在受到北京市公安局、北京市劳教局共一年多的折磨（包括捆绑在床上、铁椅子上毒打、冷冻等）后，于2004年9月被转到河北高阳劳教所。因他身体屡受摧残，他提出无法劳动，被大队长杨泽民、教导员李军及房豹、常金良等用手摇电话、地铐等折磨，至今仍身体较弱，手脚易胀、麻木，左膝无法正常运动。

秦鹏是清华大学经济管理学院 99级MBA，大学期间多次获得“优秀三好学生”、“优秀学生干部”等称号。1999年MBA入学考试第8名，入学后被选为班长。因工作努力、待人热情受到同学好评。1999年10月因参加修炼心得交流会被抓，后被学校强迫休学。2000年6月因公开炼功被抓，后被清华大学强迫休学。2001年 1月1日凌晨，被中关村派出所警察破门而入抓走。同时被抓的还有他的妻子王雯（法轮功学员）和不满一岁尚未断奶的儿子，后关押于北京市公安局七处看守所。后被非法劳教两年。

在北京团河劳教所三大队，秦鹏经受长期的高压体罚强迫洗脑仍未向邪恶妥协，在劳教到期时，恶警为掩盖其长期对秦鹏的非人性迫害，酷刑折磨秦鹏，使其神志不清写了所谓的“四书”后，把一幅自称其家人“赠送”的锦旗挂在三大队的大厅里。然后又到处宣扬经过几年的努力终于“转化”了秦鹏。然而，秦鹏解教后仅几个月时间，又被非法抓捕，而此时那幅所谓的锦旗还挂在三大队的大厅里，团河恶警怕谎言被揭穿，不敢接受秦鹏，致使秦鹏一直滞留在调遣处一大队，遭受严酷的迫害。秦鹏从2004年中国新年前后开始绝食抗议迫害，反而遭受更严酷的对待，连大小便都被严格限制，到四月份，秦鹏已连续绝食几十天，骨瘦如柴，不能行走，大小便不能自理，然而恶警仍对其迫害，野蛮灌食。秦鹏于2004年9月被转到河北高阳劳教所继续遭受迫害。