早在1999年11月，日本法轮大法学会就开始向东京都申请注册“特定非营利活动法人”（NPO）的资格。但是，由于受到驻日中国大使馆的干扰以及对法轮功不了解所产生的种种顾虑，东京都政府以“难以证明并非宗教团体”的理由未认定日本法轮大法学会为NPO。2001年8月日本法轮大法学会再次向东京都申请注册NPO的资格，东京都政府依然以同样的理由未给予认定。

2002年9月日本法轮大法学会以“日本法轮功协会”的名义向日本法务当局申请注册中间法人的资格，获得许可。

随着正法形势的变化，以及大法弟子全面的讲清真象，在全世界范围，了解法轮功真象的国家越来越多，大法的洪传从5年前的二十几个国家发展到现在的六十几个国家，并且，法轮大法学会在许多国家都进行了正式登记注册，截止到2004年2月中旬，世界各国政府机构、议员、团体组织等纷纷对法轮大法和创始人颁发褒奖及感谢，已达1223项。在日本，随着大法弟子们不断的讲真象，日本社会也对法轮功越来越了解，特别是最近这二、三年，日本弟子在呼吁日本社会帮助营救在中国受迫害的日本法轮功弟子金子容子过程中，全面的向日本社会讲真象，从而使日本社会对法轮功的了解有了很大的变化：日本国会成立了“救援金子容子超党派议员联盟会”，据统计有近16万日本人签名，要求中国政府立即释放金子容子。另外还有95个以上的地方议会通过了决议案，并向日本外交部、国会及日本政府提交了意见书，要求日本政府努力争取金子容子尽快获释。其中日本东京都议会在2003年10月6日以多数议员赞成通过了“关于早日救出濒临生命危险的金子容子的请愿”的议案。

2004年3月，东京都政府最高负责人的东京都知事石原慎太郎在他撰写的报纸专栏中，披露了驻日中国大使馆阻挠日本法轮大法学会注册的内幕，并在文章中表明对法轮功从顾虑到了解的过程。石原知事在文章中说到：“……。事实上，非营利性团体注册制度开始实施之时，居住在东京的法轮功成员曾经以非营利性团体的名义向东京都政府申请注册，驻日中国大使馆或明或暗地对自民党实力派议员进行游说，以对此事进行干涉。作为一种修养性团体申请注册的话，不管何人对此有何议论，对此注册予以认可本来应该是很顺利的。然而，由于法轮功成员对 ‘法轮大法’的忠诚而导致有人担忧：若一种相当于宗教的理念性团体一旦成立，会派生出其它问题。因而申请没有得到实现。不过，根据在此之后的状况来判断的话，这一注册是没有什么问题的。但是，对于中国当时在此问题上的神经质的态度，我感到惊讶。”

在这种形势下，今年5月日本法轮大法学会第三次提出申请。在成立的宗旨中表明“通过普及气功来促進人们的身心健康和培养高尚的道德观念。绝对不涉及任何政治集会与宗教活动。”

驻日中国大使馆依然故伎重演，企图干涉，或指使它所控制的团体对东京都政府进行干扰，或向媒体发送诬陷法轮功的文章等等。但是，包括在日中文媒体，除个别中文小报外，都不给予理睬。东京都政府更是顶着压力，依法认定日本法轮大法学会的申请，明确表示：“（法轮功）既没有政治色彩，也没有宗教色彩，符合法律上的必要条件。”石原知事在8月份的记者招待会上，再次提到江氏对法轮功的打压。

日本法轮大法学会成功注册，再次证明了讲清真象的重要性，因为明白真象的人们自然会作出他们正确的选择，而在事实面前，邪恶的谎言显得那么苍白无力。