1999年7月19日，秦三凤去上访被抓，被关在石景山体育馆一天，无吃无喝，连上厕所都不让。晚上11点多被送到海淀区大钟寺派出所，又被无理在那关押了三天。

2000年7月20日，她上天安门证实法又被抓，被关在北京市密云拘留所一星期后被湘潭市驻京办事处关押了五天，回到湘潭市又被拘留了15天，后又被关押在学校的留学生楼，还给她办学习班（洗脑班）十天，白天4人看管，晚上一人看守。

2000年11月，秦三凤散发真象传单被抓，在看守所被非法关押了近一个月。

2001年元月，秦三凤被非法判劳教1年半，因体检不合要求，又被送回拘留所，在那里她又被关押4个月，在此期间她还被开除了党籍。

到2001年4月她回校这段时间连续18个月，只发给了她200元生活费。平时还有人暗中盯梢，监视她的行动。

秦三凤共被抄家6次，抄去大法书十几本，磁带4盒。