在2002年3月5日，因炼法轮功被新兴区东风派出所干警秦勇等非法抓捕，送到北山第二看守所。3月15日被第二看守所所长尹忠良拖到办公室一顿毒打，先用皮鞋猛踢双脚，又将头往墙上猛撞，打了多个嘴巴子。使马丽琴当时就昏迷不醒，他们还认为是装的，用针在右手合谷穴扎两针，又让人取救心丸往嘴里灌。打的满身是伤，尤其是头部肿的吓人。他们想推卸责任，送马丽琴去新兴分局，分局当时没收，他们又将马丽琴拉回看守所，途中经过中医院门口时，也不肯送进抢救，也不通知家属，毫无人性，后来家人赶到才送进医院。

经医生检查，发现脑后两侧有两大块血肿，腰、腿、脚、手均有明显的外伤，四天后才醒过来，但不能动了，成了植物人。