第二阶段从4月25日到5月8日是在第一阶段进行的同时，邪恶之徒组建一个所谓的“转化”中心，将11名大法学员关入其中，采取两个邪悟者包夹一名大法学员，三人同居一室的方式，后因“非典” 疫情不得不草草收场。第三阶段从5月8日至今，又恢复成第一阶段的隔离囚禁方式，时间长达近3个月，在整个过程中，邪恶所采用的办法就是先伪善地同大法学员交流来逐渐散布它们的谎言，进而又无赖式的纠缠不休。一旦大法学员识破其真正面目，进行揭露或抵制时，它们就撕下伪装，露出凶残面目，抛出“强制转化”、“延长劳教期限”等进行恐吓威逼，给大法学员造成很大心理压力。一旦有大法学员绝食抗议抵制，就会遭到进一步的肉体迫害。但大多数正念正行的大法弟子不为所动。目前仍有5～6名大法学员处于迫害之中。现在新被绑架来的大法学员全部先被劫持到小班单独隔离，声明重新修炼的学员也都被单独隔离严管。

以下是大法弟子瞿飞于今年三月刚被绑架到教养院时被迫害的过程：
刚开始与替队长做所谓“转化”工作的人员交谈，期间一名叫时广大的人用布鞋抽打瞿飞脸和头部，脸被打肿了。过几天恶人杨立新、韩法玉、宋书武对瞿飞进行了又一次迫害。其中宋书武用鞋底子不停地抽打瞿飞的嘴，打累了就歇会儿，而杨立新从床垫子上抽了一根草棍，往瞿飞耳朵里插，插进去足有4～5厘米，接着宋书武也拿了一根草棍捅瞿飞耳朵，杨立新又用拳头打瞿飞的大腿关节处，宋书武也跟着打，并说：“你死了得了，教养院死几个又能怎样。”当晚瞿飞脸、嘴全肿了，话说不了，饭吃不了。接着大队长郭鹏又安排四防班长刘丰良处理，刘伙同四防良长胜用木板打瞿飞，又换大木板打瞿飞臀部（裤子脱了），最后瞿飞还是坚持不说假话，不违心写三书，就被送进班里。

大法弟子石月利被迫害经过：
5月初，石月利因立掌发正念被队长李××骗到严管班，进屋后，队长出去了，带来4～5个四防人员，高永平、李利昌等冲上来将老石的脚绑在椅子的腿儿上，双手背铐在椅子背上，头用四层床单蒙住，怕他喊叫，然后拿电棍电了一阵子，看不解气，又用橡胶棒从脚下到头顶打了个遍。几个四防打累了队长景殿科说：“我非把你打转化了不可；你不是炼功不喝酒吗？今天我就给你灌二两酒。”然后，四防拿板子将老石的牙撬开，由于老石不服从，左下牙被打掉了一颗，血流不止。但是邪恶凶手并没住手，继续灌酒，在灌酒过程中，白酒呛入气管不出时，老石昏死过去，等老石醒来时发现，大队长刘中科、景殿科和四、五个四防正在忙活，有的掐人中，有的打嘴巴，一看他醒了，才松口气，然后才将他双手铐在床上，足足躺了两个多月，此期间四防多次殴打他，不让他睡觉。两个多月下来，老石已经不能走路，都是被别人掺着勉强走几步。后来被分到二班继续迫害。

清华大学毕业生张勇今年3月份在大连教养院被迫害经过：
张勇在八大队被宋书武用马扎子往头部打，用鞋底子抽，并于3月28日被吊铐。

大法弟子林继珠也在三、四月份被绑架到教养院，被周凤武、韩德玉等残酷殴打，仍坚持信仰“真善忍”。