在台湾，朝野人士都听闻过法轮功学员在中国大陆受到的待遇，但第一个站出来声援法轮功信徒的，就是吕秀莲。在二○○○年十二月间一场由台湾法轮功研究会在中正纪念堂举办的烛光晚会上，吕秀莲公开与会并发表谈话。

今年三月间，吕秀莲出席在匈牙利举行的国际自由联盟年会并以「自由主义与柔性国力」为题发表专题演说时提到，「当北京领导人担心法轮功成员是否会威胁到国家安全之际，台湾人民却能自由选择宗教信仰而不需担心」。吕秀莲希望宗教权利及政治自由能够获得正视，尊重各社会团体之间的差异。在那场演说中，吕秀莲获得与会的四百多位国际友人热烈回应。

几个月后，吕秀莲在总统府接见来台进行慈善音乐会表演的英国圣贝氏爵士乐团，当宾主话题由音乐谈到台湾这几年在民主自由、保障人权方面的成果时，吕秀莲又一次对法轮功学员在大陆的遭遇表达同情。她说，宗教不见容于共产主义，不仅法轮功被禁止在大陆活动，连带地也波及到香港，这种违反人权的现象值得世人留意。

今年六月间，吕秀莲应邀参加「海外华人休闲产业投资研讨会」开幕典礼。在致词活动结束后，答覆现场媒体记者询问有关「六四」周年感想时，吕秀莲再一次表达对法轮功信徒在大陆处境的关心。她说，希望中国大陆能朝民主自由制度发展，然而从有关法轮功的处理或对民运人士审判上，可看出中共在人权方面仍未有改善。

吕秀莲关怀法轮功学员在大陆的处境。副总统办公室诠释，是因她深信人权是普世价值，站在人权的立场，关心法轮功在大陆遭受的不人道待遇。吕秀莲也认为，从法轮功学员在两岸受到的不同对待也得证：「台湾是个民主自由的社会，不是大陆所能比拟的。」