何祚庥曾公开提出，要警惕「台独」、「藏独」等和法轮功合流，昨天他参加中共全国政协闭幕会，在记者追问下，他说，所谓「台独」和法轮功合流，原来只是因为看见副总统吕秀莲参加法轮功的集会，会见法轮功代表；他强调，给钱的事，是「非正式消息」，如果有证据，或者知道金额，他的嗓门还会「更大一点」。

他说，从两岸友好来看，台湾不宜支持法轮功这类「反对中央人民政府的组织」，对于台湾有言论、宗教和练法轮功的自由，法轮功也没有违反台湾任何法律，或学员练功出问题，何祚庥说：「走着瞧吧，将来就知道了，肯定会有。」

何祚庥在政协会议期间发起针对法轮功的非法律性提案，建议香港政府处理法轮功。他说，能理解香港社会对法轮功有两种意见，处理起来有一定难度，如果港府不处理，他还会再提案。他这次提案才提出十几分钟就有三十多人附议，在他节制下，提案人数才没有增加。

联合报记者彭威晶、徐国淦台北报导-针对中共政协委员何祚庥指称台湾方面对中共法轮功提供资助，吕秀莲副总统办公室主任蔡明华昨晚指出，吕副总统是基于关心人权的态度，才「低调」参加法轮功在台湾的活动，如果将此事扯上「资助」，完全是无稽之谈。

台湾法轮功研究学会理事长、台大教授张清溪昨晚直觉反应是，「简直胡说八道」。他强调，无论是台湾政府或学会都不可能提供金钱资助大陆法轮功。